У большинства морских мшанок широко распространен полиморфизм колоний, т. е, наряду с нормально развитыми зооидами встречаются морфологически и физиологически отличающиеся особи, как оэции, служащие для размножения, авикулярии и вибракулярии — для защиты и предохранения колонии от засорения, ризоиды и кенозоиды — для прикрепления колоний. У одних видов авикулярии представляют сильно редуцированный полипид с гипертрофированной крышечкой, превращенной в хватательное орудие. Встречаются авикулярии, сидящие на поверхности зооидов. Разновидностью авикулярий являются вибракулярии. Кенозоид представляет собой особь, состоящую из одного цистида, несущего в составе колонии чисто механические функции (опорную, прикрепительную, защитную и т. п.). Во многих случаях шипы, сидящие на фронтальной стороне зооидов, считают не простыми выростами кутикулы, а кенозоидами. Зооиды некоторых Ctenostomata несут корневые и каудальные отростки. Оэции, авикулярии, шипы у всех представителей этого отряда отсутствуют.

Ротовое отверстие окружено венцом щупалец, ведет в глотку, а затем в объемистый желудок, от которого отходит кишка, идущая в обратном направлении параллельно пищеводу и открывающаяся наружу недалеко от ротового отверстия, вне круга щупалец. Щупальца покрыты мелкими ресничками, создающими вокруг ротового отверстия постоянный ток воды. Между кишечником й стенками зооида находится довольно обширная полость тела, наполненная полостной жидкостью.

Органами дыхания мшанок служат щупальца, через которые и происходит газообмен. Кровеносной системы нет. Выделительная система у большинства форм отсутствует.