Сегодня был выпущен новый инструмент, помогающий сохранить одно из наиболее угрожаемых млекопитающих Великобритании, с публикацией первого высококачественного эталонного генома европейской водяной полевки. Геном был создан учеными из Института Wellcome Sanger в сотрудничестве с благотворительной организацией по охране животных Wildwood Trust в рамках проекта Darwin Tree of Life..
Геном, опубликованный сегодня (24 июня 2021 г.) через Wellcome Open Research, находится в открытом доступе в качестве справочного материала для исследователей, стремящихся оценить генетику популяции водяной полевки, лучше понять, как эволюционировал вид, и управлять усилиями по реинтродукции.
Европейская водяная полевка (Arvicola amphibius) - это небольшое полуводное млекопитающее, обитающее на берегах пресноводных местообитаний и в заболоченных местах. Вид произрастает в Европе, Западной Азии, России и Казахстане. В то время как охранный статус водяной полевки вызывает наименьшее беспокойство во всем мире, популяция в Соединенном Королевстве сократилась до такой степени, что этот вид считается находящимся под угрозой исчезновения в национальном масштабе. Потеря среды обитания и хищничество американской норки, инвазивного чужеродного вида, сократили популяцию Великобритании с 7,3 миллиона в 1990 году до примерно 132 000 в 2018 году.
Водяные полевки получили полную правовую защиту в Великобритании в 2008 году. В Великобритании был реализован ряд природоохранных проектов, направленных на поддержку популяций водяных полевок, включая усилия по восстановлению среды обитания и контролю над популяцией американской норки. Также предпринимаются усилия по реинтродукции водяной полевки в ряде восстановленных городских и диких местообитаний, а также по смягчению последствий новой застройки.
Европейские водяные полевки вернулись в Великобританию из свободных ото льда убежищ в Иберии и Восточной Европе после последнего ледникового периода, и эти две клады внесли свой вклад в генетическое разнообразие британских популяций. Это разнообразие может проявляться в некоторых чертах, таких как черный мех шотландских водяных полевок, который отличается от тех, что в Англии имеют коричневый мех. Но все богатство генетического разнообразия нельзя оценить только по внешнему виду. Также неизвестно, сколько разнообразия было утрачено в результате недавнего краха популяции.
Хейзел Райан, старший сотрудник по охране природы Wildwood Trust, сказала: «Водяные полевки - удивительные животные, и мы не до конца понимаем, что без них теряют экосистемы. они валят стебли, роют норы и изменяют ландшафт. Мы подозреваем, что некоторые популяции водяных полевок стали инбридингом в последние десятилетия из-за сокращения численности и фрагментации популяций из-за утраты среды обитания. Эталонный геном предлагает нам способ лучше понять генетическое разнообразие для реинтродукции и рассмотреть возможность смешивания особей, чтобы обеспечить наилучшие шансы популяции на процветание».
Для секвенирования эталонного генома европейской водяной полевки был взят образец крови у живого самца A. amphibius, который был частью разводимой в неволе популяции Wildwood Trust в Кенте, Великобритания. ДНК была извлечена из этого образца и секвенирована учеными Института Wellcome Sanger на Pacific Biosciences SEQUEL I и Illumina HiSeq X.
Профессор Роб Огден, директор по охране природы в Эдинбургском университете, сказал: «Понимание генетического разнообразия и структуры популяций водяных полевок является важным аспектом их сохранения в Великобритании и занимает центральное место в международных рекомендациях по движение дикой природы для управления охраной. Выпуск генома водяной полевки предоставляет полный набор генетических инструментов для поддержки будущей устойчивости вида в Великобритании."
Геном водяной полевки опубликован в рамках проекта Darwin Tree of Life Project, в рамках которого партнерские организации секвенируют и собирают геномы 70 000 видов животных, растений, грибов и простейших в Великобритании и Ирландии.
Профессор Марк Блакстер, руководитель программы Дарвиновского проекта «Древо жизни» в Институте Велкома Сэнгера, сказал: «Европейская водяная полевка является ярким примером британского вида, генетическое разнообразие которого мы рискуем потерять до того, как у нас была возможность полностью записать его Этот высококачественный эталонный геном Arvicola amphibius позволит нам сделать это, а также поддержать текущие усилия по сохранению существующих популяций и повторно ввести новые таким образом, чтобы эти популяции были генетически устойчивыми.."