Новые данные свидетельствуют о том, что вирус Чикунгунья прибыл в Бразилию по крайней мере на год раньше, чем он был обнаружен системами общественного здравоохранения. Ученые из Центра инфекций и иммунитета (CII) Колумбийской школы общественного здравоохранения Мейлмана и Fundação Oswaldo Cruz опубликовали свои выводы в журнале Scientific Reports.
Образцы крови, собранные в Национальном институте инфектологии в Рио-де-Жанейро в период с марта 2016 г. по июнь 2017 г., были проанализированы с помощью генетического теста QuantiTect/QuantiNova Prove RT-PCR Kit. Тест выявил 40 образцов, положительных на вирус Чикунгунья и отрицательных на вирус Денге и вирус Зика. Затем исследователи повторно проверили эти образцы с помощью CII-ArboViroPlex, мультиплексного теста, разработанного CII, который может одновременно сканировать на наличие вируса Зика, всех серотипов вируса денге, вируса чикунгунья и вируса Западного Нила. Тест CII подтвердил более раннее тестирование, но был выполнен с большей чувствительностью, предполагая, что он может идентифицировать вирус, когда другие тесты не могут.
Четырнадцать из этих образцов, представляющих даты в течение пятнадцатимесячного периода сбора, были дополнительно проанализированы с использованием VirCapSeq-VERT, метода, разработанного в CII для диагностики, наблюдения и обнаружения вирусов. VirCapSeq-VERT позволил восстановить почти полные вирусные геномные последовательности и идентифицировать вирусы как представители восточно-центрально-южноафриканского генотипа вируса чикунгунья.
Анализ четырнадцати геномных последовательностей показал сильную корреляцию между генетическим расхождением и датой взятия образца. Это позволило исследователям определить «молекулярные часы» на основе скорости мутаций между образцами. Время предполагало, что вирус мог циркулировать еще в 2012 году и, вероятно, был завезен из Центральной Африки. Вирус чикунгунья был впервые зарегистрирован системами общественного здравоохранения в 2014 году.
«Из-за повышенных опасений по поводу вируса Зика больше бразильцев прошли тестирование на инфекцию», - говорит Нишай Мишра, доктор философии, руководитель исследования в CII. «В то же время многие из протестированных на самом деле были инфицированы лихорадкой денге или чикунгунья, которые проявляются схожими симптомами».
«Это исследование демонстрирует ценность чувствительных диагностических технологий, которые могут различать эти инфекционные заболевания и дают представление о происхождении вспышки чикунгуньи в Бразилии», - говорит первый автор Тиаго Морено Л. Соуза, профессор биохимии в Fundação Oswaldo Cruz в Рио-де-Жанейро, Бразилия.