Новые не требующие лицензии тесты ДНК позволят исследователям оценивать размер фрагментов ДНК за небольшую часть стоимости доступных в настоящее время методов. Исследовательская группа студентов бакалавриата во главе с профессором биохимии и молекулярной биологии штата Пенсильвания Сонгом Таном и бывшим студентом бакалавриата Райаном С. Хенрици разработала две плазмиды - кольцевую форму ДНК, которые можно разрезать ДНК-ножницами, известными как ферменты рестрикции, для создания ДНК-лестницы. Лестницы можно использовать для оценки размера фрагментов ДНК длиной от 50 до 5000 пар оснований. Статья с описанием исследования появилась в сети 26 мая 2017 года в журнале Scientific Reports.
«Лестницы ДНК, также известные как маркеры молекулярной массы ДНК, являются одними из наиболее часто используемых реагентов в исследованиях молекулярной биологии», - сказал Тан. «Они используются во всех приложениях, где требуется гель-электрофорез - метод, который разделяет фрагменты ДНК по их размеру. Мы хотели бы предложить эти плазмиды исследовательскому сообществу в качестве средства для производства высококачественных маркеров молекулярной массы ДНК по низкой цене."
Исследовательская группа создала две плазмиды, pPSU1 и pPSU2, которые вместе производят лестницы ДНК с шагом 100 или 1000 пар оснований, в зависимости от того, какой фермент рестрикции используется. Исследователи могут легко изготовить в своих собственных лабораториях две лестницы в количестве, достаточном для 1000 применений менее чем за 10 долларов. Напротив, имеющиеся в продаже ДНК-лестницы стоят от 250 до 500 долларов за ту же сумму. Кроме того, в отличие от многих доступных в настоящее время ДНК-лестниц, лестницы из 100 пар оснований правильно работают как на агарозном, так и на полиакриламидном геле, двух типах, обычно используемых в молекулярной биологии.
«Мы также воодушевлены возможностью того, что плазмиды pPSU могут быть использованы во всем мире для дальнейших исследований и улучшения научного образования в классных лабораториях», - сказал Хенричи. «Эта технология позволяет производить ДНК-лестницы менее чем за пенни за одно использование, что составляет небольшую часть стоимости использования имеющихся в продаже ДНК-лестниц».
Плазмиды pPSU1 и pPSU2, используемые для производства ДНК-лестниц штата Пенсильвания, будут доступны без лицензионных ограничений некоммерческим академическим пользователям через репозитории плазмид Addgene и DNASU.