Ученые сталкиваются со многими трудностями, когда начинают новые проекты. Часто самым большим ограничением является небольшой бюджет. Вот почему группа ученых во главе с исследователями из Университета Флориды недавно работала над тем, чтобы сделать один аспект генетических исследований более дешевым и простым. В двух сопутствующих статьях, опубликованных в недавнем выпуске Applications in Plant Sciences, они предоставили рекомендации для исследовательских проектов с использованием микросателлитов и ресурс из более чем пяти миллионов микросателлитов для использования в самых разных видах растений.
Микросателлиты - это генетические маркеры, которые играют все более важную роль в анализе генома растений. Селекционеры могут использовать их для проверки наличия нужных генов при скрещивании. Генетики могут использовать их для выявления взаимосвязей между людьми и популяциями. Молекулярные биологи могут использовать их для построения карт генома. Микросателлиты приобрели популярность, потому что их легко обнаружить с помощью ПЦР, они многочисленны и широко распространены в геноме.
Генетические маркеры - фантастический инструмент для количественной оценки биоразнообразия. Мы до сих пор назвали лишь небольшой процент видов на планете (не говоря уже о том, чтобы детально изучить их), и предстоит еще много работы, чтобы понять разнообразие жизни на нашей планете», - объясняет Ричард Ходел, докторант кафедры биологии Университета Флориды.
Исследователи идентифицировали микросателлиты, используя данные о последовательности из проекта «Тысяча транскриптомов растений». Сокращенно обозначаемый как 1KP, проект в значительной степени способствовал увеличению количества геномов растений, доступных исследовательскому сообществу. Онлайн-база данных в настоящее время содержит 1334 образца транскриптомов видов зеленых растений.
«Мы чувствовали, что существует огромный ресурс - проект 1KP - который можно использовать для помощи сообществу исследователей растений», - объясняет Ходел.
В этом документе также описывается, как доступные генетические данные, такие как данные, предоставленные проектом 1KP и другими архивами последовательностей, могут использоваться для целей, выходящих за рамки их первоначального предназначения, например, для разработки маркеров.
"Часто первоначальным препятствием для начала проекта является обеспечение финансирования для разработки генетических маркеров, если они недоступны для интересующей системы исследования. Наш микросателлитный ресурс позволит исследователям искать локусы, которые доступны для широкого круга ряд видов, бесплатно."
В сопутствующей статье Ходель и его коллеги сравнили полезность микросателлитов с технологиями секвенирования следующего поколения и новыми технологиями, такими как генотипирование путем секвенирования (GBS) и секвенирование ДНК, связанное с сайтами рестрикции (RAD-Seq). Они обнаружили, что микроспутники более рентабельны для малобюджетных исследовательских проектов и для исследователей с образцами ДНК более низкого качества. Обзор показывает, что микросателлиты могут быть более доступными, чем новые методы, особенно если локусы уже разработаны. В приложение к статье включен бюджет, чтобы дать примерное представление о том, сколько может стоить определенное исследование.
Мы написали это для всех, кто начинает исследовательский проект с использованием генетических маркеров. Полагаю, я всегда думал о себе, когда начинал свою докторскую диссертацию и должен был разработать проект. Я пытался вспомнить, какой совет мне нужен. чтобы услышать, когда я начинал работу над диссертацией. При написании этого руководства мы думали не только о студентах - наша цель состояла в том, чтобы дать людям практическое руководство и дать им возможность рассмотреть все свои варианты», - говорит Ходел.