В последние годы была разработана новая высокопроизводительная, миниатюрная, портативная методика секвенирования для целей охраны здоровья людей и животных. Он использует мобильные лаборатории для почти мгновенной диагностики вирусов, таких как Эбола или Зика, в полевых условиях. Диагностика проводится быстро и на ранней стадии, что позволяет избежать переноса зараженных образцов.
«Технология характеризуется производством длинных нуклеотидных последовательностей, что позволяет секвенировать весь вирусный геном», - объясняет Филипп Руманьяк, вирусолог из CIRAD. CIRAD была одной из первых лабораторий в мире, которая протестировала и утвердила его использование в вирусологии растений. «Используя больное растение батата, нам потребовалось всего несколько часов, чтобы секвенировать весь геном двух одноцепочечных РНК-вирусов, маклюравируса и потивируса», - добавляет его коллега Денис Фийю.
Мобильная, мгновенная диагностика вирусов растений для поддержки сетей эпидемиологического надзора
Как и в случае с вирусологией человека, тот факт, что этот метод в настоящее время проверен в лаборатории вирусологии растений, прокладывает путь к мобильному обнаружению в режиме реального времени хронических, сезонных или возникающих вирусов растений даже в изолированных районах. Сокращая время между взятием проб и диагностикой, технология поможет сетям эпидемиологического надзора выявлять вредоносные организмы на более ранней стадии.
Эта работа международной группы, включающей CIRAD и партнеров из Европы, Индии и Южной Африки, финансировалась Фондом Агрополис в рамках флагманского проекта E-SPACE (Улучшение эпидемиологического надзора за средиземноморскими и тропическими болезнями растений).
Oxford Nanopore MinION