Сегодня исследователи из Калифорнийского университета в Дэвисе объявили в Nature Communications, что они открыли сокровищницу генетической информации о салате и родственных растениях, выпустив первую комплексную сборку генома салата и огромного семейства растений Compositae.
Садовый салат, или Lactuca sativa, - это вид растений, который включает в себя множество видов салата, начиная от айсберга и заканчивая ромэном. С годовой стоимостью на ферме более 2,4 миллиарда долларов, это самый ценный свежий овощ и одна из 10 самых ценных культур в Соединенных Штатах.
Латук является членом огромного семейства сложноцветных, в которое входят хорошие, плохие и уродливые представители растительного мира, от маргаритки и подсолнуха до амброзии и страшного звездчатого чертополоха.
Сборка генома - компиляция миллионов последовательностей ДНК в полезный генетический портрет - предоставляет исследователям ценный инструмент для изучения многих родственных видов растений семейства сложноцветных.
«Эта сборка генома обеспечивает основу для многочисленных дальнейших генетических, эволюционных и функциональных исследований всего этого семейства растений», - сказал Себастьян Рейес-Чин-Во, ведущий автор и аспирант лаборатории генетики растений. Ричард Мишельмор.
"Это особенно важно, потому что Compositae - самое успешное семейство цветковых растений на Земле с точки зрения количества видов и обитаемых сред", - сказал Ричард Мишельмор, который руководит Центром генома Калифорнийского университета в Дэвисе.
Тройные гены могут объяснить успех:
Исследователи обнаружили, что определенные гены в геноме салата соответствуют определенным физическим признакам, таким как производство каучуксодержащего млечного сока, которые также были обнаружены у таксономически различных видов, таких как каучуковое дерево.
Исследование также предоставило доказательства того, что где-то во время эволюции салата около 45 миллионов лет назад его геном был «утроен». В результате одна четвертая часть генома, включая около 30 процентов всех его идентифицированных генов, теперь появляется во множестве родственных областей. Поскольку такие геномные дупликации могут давать видам растений преимущество при колонизации новых сред, древнее событие тройного размножения может частично объяснить успех семейства сложноцветных растений.
Новая технология дает более точную информацию:
Микелмор отметил, что это первое сообщение о сборке генома видов растений, полученной в результате использования новой технологии, которая дает информацию о физической близости последовательностей ДНК, с которыми связаны белки.
Новый подход, разработанный компанией Dovetail Genomics, отделившейся от Калифорнийского университета в Санта-Крузе, привел к более непрерывной и точной сборке генома, несмотря на то, что салат имеет один из самых крупных геномов растений, секвенированных на сегодняшний день, сказал он.