На первый взгляд дрожжи Candida krusei кажутся такими же безобидными, как и микробы: они используются для ферментации какао-бобов и придают шоколаду приятный аромат. Но его все чаще обнаруживают в качестве патогена у пациентов с ослабленным иммунитетом, а инфекции, вызванные C. krusei, не всегда легко вылечить. Эти дрожжи естественным образом устойчивы к флуконазолу, противогрибковому препарату первой линии, жизненно важному не только для лечения многих грибковых инфекций, но и для их предотвращения у восприимчивых групп населения. В сентябрьском выпуске G3 Cuomo et al. представить первую полногеномную последовательность клинического образца C.krusei, предоставляя информацию о генах, которые могут быть важны для устойчивости этого вида к флуконазолу. Некоторые предварительные сборки генома C. krusei были созданы до работы этих исследователей, но они были фрагментированы, что было вызвано большой гетерозиготностью. Ключом к их успеху было создание длинных прочтений секвенирования, производящих сборку с ненамного большим количеством каркасов, чем хромосом у C. krusei..
Имея в руках новый проект, Brand et al. искали в геноме C. krusei гены, связанные с патогенезом более знакомого Candida albicans - причины молочницы, вагинальных дрожжевых инфекций, а иногда и потенциально смертельных системных инфекций. Они обнаружили, что C. krusei имеет несколько копий семейств генов, связанных с патогенезом у C. albicans, включая гены переносчиков олигопептидов, аспартилпротеаз и фосфолипазы B. Виды Candida, которые часто вызывают заболевания, обычно имеют экспансию в этих семействах генов, поэтому, учитывая, что C. krusei редко бывает патогенным, это открытие имеет смысл.
Когда они сосредоточились на генах, участвующих в лекарственной устойчивости, группа обнаружила, что C. krusei отличается от C. albicans; многие сайты, которые часто мутируют в мишенях для азольных препаратов у резистентных C. albicans, не мутируют у C. krusei. Это означает, что естественная устойчивость дрожжей, ферментирующих какао, к флуконазолу возникает по другому механизму, чем тот, который обычно позволяет C. albicans сопротивляться азольным препаратам.
Исследователи также не обнаружили ген MDR1, который кодирует переносчик лекарств, часто ответственный за устойчивость ко многим лекарствам. Однако они обнаружили копии генов, связанных с CDR1, CDR2 и некоторыми другими, которые кодируют другие транспортеры, связанные с лекарственной устойчивостью, хотя то, как они функционируют у C. krusei, неизвестно. Эти гены могут стать отправной точкой для обнаружения механизмов устойчивости C. krusei к противогрибковым препаратам, что может привести к улучшению лечения и профилактических мер для особо уязвимых групп населения.