Учеными обнаружен наиболее вероятный источник эпидемии холеры в Йемене. Используя геномное секвенирование, ученые из Института Wellcome Sanger и Института Пастера оценили штамм холеры, вызвавший нынешнюю вспышку в Йемене - самую страшную вспышку холеры в зарегистрированной истории - пришел из Восточной Африки и попал в Йемен с миграцией людей в и из региона.
Результаты, опубликованные сегодня (2 января) в журнале Nature, показывают, что геномные данные и технологии могут позволить исследователям оценить риск будущих вспышек холеры в таких регионах, как Йемен, и в конечном итоге использоваться для более целенаправленных вмешательств.
Йемен столкнулся с самой страшной эпидемией холеры с момента начала регистрации. Болезнь затронула более 1 миллиона человек и стала причиной почти 2 500 смертей. По оценкам Организации Объединенных Наций, 16 миллионов из 29 миллионов жителей Йемена не имеют доступа к безопасной воде и элементарным санитарным условиям.
Население Йемена пережило две вспышки холеры; первый произошел в период с сентября 2016 г. по апрель 2017 г., а второй начался позже в апреле 2017 г. и с тех пор привел к более чем 1 миллиону подозрительных случаев.
Чтобы понять природу штамма бактерий, стоящих за этими разрушительными вспышками холеры, исследователи из Института Wellcome Sanger, Института Пастера и их сотрудники секвенировали геномы Vibrio cholerae из образцов холеры, собранных в Йемене и близлежащих регионах.
Команда секвенировала 42 образца V. cholerae из обеих вспышек в Йемене. Для этого образцы были собраны в самом Йемене и в йеменском центре для беженцев на границе Саудовской Аравии и Йемена, а также 74 других образца холеры из Южной Азии, Ближнего Востока, Восточной и Центральной Африки.
Исследователи сравнили эти геномные последовательности с глобальной коллекцией из более чем 1000 образцов холеры от текущей и продолжающейся пандемии, известной как седьмая пандемия холеры, которая началась в 1960-х годах и вызвана одной линией V. cholerae, называется 7PET.
Ученые обнаружили, что штамм холеры, вызвавший эпидемию в Йемене, связан со штаммом, впервые обнаруженным в 2012 году в Южной Азии, который распространился по всему миру, но йеменский штамм не прибыл непосредственно из Южной Азии или Ближнего Востока. Этот конкретный штамм холеры циркулировал и вызывал вспышки в Восточной Африке в период с 2013 по 2014 год, прежде чем появился в Йемене в 2016 году.
Профессор Ник Томсон из Института Wellcome Sanger и Лондонской школы гигиены и тропической медицины сказал: «Геномика позволила нам обнаружить, что штамм холеры, стоящий за разрушительной и продолжающейся эпидемией в Йемене, вероятно, связан с миграцией людей из Восточной Африки в Йемен. Знание того, как холера распространяется по всему миру, дает нам возможность лучше подготовиться к будущим вспышкам. Эта информация может помочь в разработке стратегий для более целенаправленных вмешательств с конечной целью снижения воздействия будущих эпидемий».
Доктор. Франсуа-Ксавье Вайль, глава отдела кишечных бактериальных патогенов Института Пастера, сказал: «Геномный анализ продолжает демонстрировать свою способность обеспечивать детальное представление с высоким разрешением бактерий, вызывающих холеру, Vibrio cholerae, что имеет решающее значение для борьбы с этим разрушительным Как и в случае с другими крупными вспышками холеры по всему миру, мы обнаружили, что атипичный штамм бактерий, стоящий за эпидемией йеменской холеры, связан с единственной линией под названием 7PET, которая несет ответственность за текущую и продолжающуюся глобальную пандемию. Это потенциально позволяет нам сфокусировать наши исследования и направить вмешательство на эту конкретную линию Vibrio cholerae для достижения большего эффекта».
Вопреки предыдущим теориям о том, что две вспышки холеры в Йемене были вызваны двумя разными штаммами, это исследование показало, что они были вызваны одним и тем же штаммом бактерии Vibrio cholerae, проникшей в Йемен в 2016 году. холера, вызывающая эпидемии, устойчива ко многим антибиотикам, команда обнаружила необычное открытие: штамм йеменской холеры чувствителен ко многим из этих антибиотиков.
Д-р Дэрил Домман, приглашенный ученый из Института Wellcome Sanger, который в настоящее время базируется в Лос-Аламосской национальной лаборатории в США, сказал: «Удивительно, но мы обнаружили, что штамм холеры, вызывающий вспышки в Йемене, менее устойчив к антибиотикам. Штамм, вызвавший эпидемию йеменской холеры, удалил четыре гена, ответственных за устойчивость к клинически значимым антибиотикам, что делает его более уязвимым для лечения."
Доктор Мари-Лор Киличи, ученый из отдела кишечных бактериальных патогенов Института Пастера и глава Национального справочного центра по вибрионам и холере, сказала: «Это исследование еще раз иллюстрирует ключевую роль геномного микробного надзора и кросс- приграничного сотрудничества в понимании глобального распространения холеры. Все страны должны знать об этом и действовать соответствующим образом, если они хотят достичь целей, установленных Глобальной целевой группой ВОЗ по борьбе с холерой, целью которой является снижение смертности от холеры на 90 процентов к 2030 год."