Каменные дубы - одни из самых символичных деревьев средиземноморских лесов и самые многочисленные на Пиренейском полуострове. Каменные дубы нашли множество применений на протяжении сотен тысяч лет своей истории и в настоящее время являются одним из основных ресурсов для фермеров-животноводов дехеса, поскольку дехеса является жизненно важной экосистемой на юге Испании. Исследовательская группа AGR-164 в Университете Кордовы под руководством профессора Хесуса В. Йоррина Ново секвенировала транскриптом этого символического лесного вида, что является важной отправной точкой для понимания его реакции на стресс, а также других аспектов. своей биологии.
Геном - это содержимое ДНК, которое включает в себя необходимую генетическую информацию для жизни. Транскриптом, с другой стороны, включает только те гены, которые экспрессируются. Другими словами, если геном - это библиотека, содержащая всю информацию об индивидууме, то транскриптом - это та часть, которая считывается и может дать ключ к пониманию функции гена.
В частности, эта исследовательская работа, опубликованная в научном журнале PLOS ONE, перестроила этот ранее неизвестный транскриптом, объединив два разных метода секвенирования ДНК и три программы для сбора данных, менее частую методологию и одну который был использован с целью улучшения результатов. Это широкомасштабный биоинформатический проект, в результате которого было создано более 34 000 аннотированных транскрипций. Эта методология, доказавшая свою эффективность, может быть использована для других немодельных организмов.
Каменный дуб - это лесная порода, для которой ранее не проводились ни исследования на молекулярном уровне, ни эталонные геномы. Теперь, благодаря этому исследованию, «мы получили первое приближение генома», - отмечает Виктор Герреро, один из главных исследователей, работавших над проектом. Вся полученная информация может быть использована для реализации новых исследовательских проектов, которые будут изучать молекулярное поведение этого вида деревьев в различных стрессовых ситуациях, таких как, например, увядание дуба, проблема, вызывающая высокий уровень смертности. в этих деревьях и был назван «раком дехесы».
Этот лесной вид размножается путем перекрестного опыления, поэтому обладает широкой генетической изменчивостью. Знание его транскриптома может помочь понять, почему некоторые экземпляры лучше выживают с точки зрения выживания и какие гены или молекулярные механизмы задействованы в различных ситуациях, таких как прорастание, устойчивость к засухе или качество желудей, что можно было бы учитывать при разработке будущих планов лесовосстановления. Для этого, объясняет профессор Йоррин Ново, «предстоит еще много работы, хотя это исследование приближает нас к великим неизвестным на молекулярном уровне."