Тропические леса Индонезии когда-то покрывали 84% 17 508 островов страны (статистика CIA World Factbook), обеспечивая безопасное убежище для тысяч различных видов. На рубеже 20th столетия, 170 миллионов гектаров густых первичных тропических лесов покрывали архипелаг, но в настоящее время осталось менее 98 миллионов гектаров.
Соперничающая с Бразилией с точки зрения биоразнообразия, Индонезия является домом для 1 531 вида птиц, 515 видов млекопитающих, 270 видов земноводных, 35 видов приматов и 38 000 видов растений. 31,1% всех видов в Индонезии являются эндемиками, при этом 9,9% от общего числа видов находятся под угрозой из-за браконьерства, лесозаготовок и развития сельского хозяйства. Огромное разнообразие делает тропические леса Индонезии одной из самых важных экосистем в современном мире.
Лесозаготовки, проводимые как законно, так и незаконно, приводят к огромному сокращению лесного покрова, особенно девственных лесов, по всему архипелагу. По данным Монгабая, с 1990 по 2005 год было потеряно более 28 миллионов гектаров леса. Незаконные рубки в настоящее время составляют 73-88% (по данным ЮНЕП) вырубки лесов в Индонезии и обусловлены потребительским спросом в развитых странах. Коренное население и небольшие общины часто изгоняются из своих домов транснациональными корпорациями, которые ставят прибыль превыше всего. Ежегодно во всем мире экспортируется древесина и балансовая древесина на сумму более 5 миллиардов долларов, причем большая часть прибыли идет на пользу лесозаготовительным корпорациям, а не местным жителям, которые полагаются на леса как на источник продуктов питания и дохода.
Ежегодно уничтожается 700-850 тысяч гектаров, и тысячи различных видов подвергаются все большей угрозе. Суматранский тигр, находящийся под угрозой исчезновения вид, - это всего лишь одно животное, которое ощущает жар от потери среды обитания и все связанные с этим негативные эффекты. После вырубки тропических лесов браконьерам становится все проще выслеживать и убивать тигров, которые считаются ценными трофеями для любых охотников. Каждый суматранский тигр, используемый в традиционной китайской медицине и в качестве украшений, может быть продан за 5 000 долларов США, предлагая браконьерам больший доход, чем они могли бы заработать, работая на рисовых полях или на плантациях каучуковых деревьев.
Панголины - еще один такой вид, уязвимый к последствиям браконьерства и сокращения среды обитания. Подпитываемая китайскими рынками незаконная торговля панголинами сократила численность популяции почти вдвое с начала 1990-х годов. Хотя это запрещено Конвенцией о международной торговле видами, находящимися под угрозой исчезновения (СИТЕС), браконьеры продолжают убивать этих все более неуловимых животных. Как и в случае браконьерства на суматранских тиграх, торговля панголинами предлагает охотникам большую прибыль, чем они могли бы заработать в большинстве других отраслей. Браконьеры могут заработать 40 долларов в неделю на ловле в среднем 2–3 панголинов.
По оценкам Всемирного фонда дикой природы, популяция орангутанов значительно сократилась с 230 000 почти столетие назад до 7 500 на Суматре и 55 000 на Борнео в настоящее время. Существенным фактором сокращения численности орагнутанов является фрагментация их среды обитания, что делает их уязвимыми для торговцев дикими животными. В период с 1994 по 2003 год было обнаружено, что 559 орангутанов и гиббонов продавались на рынках дикой природы по всей Индонезии. Генеральный директор Министерства лесного хозяйства Индонезии Ир Дарори винит нехватку человеческих ресурсов и финансирования в распространении незаконной торговли дикими животными и растениями в стране. Выступая перед Al Jazeera в 2010 году, г-н Дарори сказал: «Незаконная торговля охраняемыми видами дикой природы в Индонезии… недопустима».
Хотя масштабы обезлесения, незаконного оборота дикой природы и браконьерства в Индонезии остаются постоянной угрозой, правительство Индонезии вместе с экологическими организациями предпринимает шаги для защиты лесов и животных Индонезии. В 2010 году правительство Индонезии подписало контракт с Норвегией на сумму 1 миллиард долларов о введении двухлетнего моратория на новые концессии на лесозаготовки. Если Индонезия соблюдает и сумеет обеспечить соблюдение запрета на вырубку леса в определенных областях, они получат крупную зарплату из Норвегии. Наряду с усилиями Норвегии прилагаются усилия таких организаций по всему миру, как Greenpeace, которые помогают убедить корпорации, использующие пальмовое масло, получать все свое пальмовое масло из устойчивых источников. В 2011 году второй по величине производитель пальмового масла в мире Golden Agri-Resources Limited (GAR) согласился поставлять все свое пальмовое масло из экологически чистых источников, призывая других лидеров отрасли сделать то же самое.
В то время как правительство Индонезии улучшает соблюдение запрета на торговлю дикими животными и растет, а случаи изъятия незаконно ввезенных животных растут, более эффективный мониторинг и исследования существующих популяций видов, находящихся под угрозой исчезновения, помогут обеспечить лучшую защиту дикой природы Индонезии.