Новая платформа биоинформатики под названием Empowering the Development of Genomics Expertise (EDGE) поможет демократизировать революцию в геномике, позволяя пользователям с ограниченными знаниями в области биоинформатики быстро анализировать и интерпретировать данные о геномных последовательностях. Исследователи из Лос-Аламосской национальной лаборатории и их сотрудники из Военно-морского медицинского исследовательского центра разработали EDGE, который описан в статье, недавно опубликованной в журнале Nucleic Acids Research.
"Мы поняли, что в то время как инструменты секвенирования следующего поколения становятся все более распространенными и более доступными для среднего биолога или врача, инструменты биоинформатики, необходимые для обработки и анализа данных, не были такими удобными или доступными", - сказал он. Патрик Чейн из группы биобезопасности и общественного здравоохранения Лос-Аламоса и руководитель группы EDGE.«Учитывая большое количество приложений, в которых в настоящее время используется секвенирование, требуется надежная платформа биоинформатики, которая инкапсулирует широкий спектр алгоритмов, чтобы помочь ответить на вопросы, которые могут возникнуть у исследователя. легко выбирать, какие конвейеры им нужны, быстро получать результаты и взаимодействовать со своими данными."
Остановка распространения болезней - от естественных или искусственных угроз - требует глубокого понимания патогенов и того, как они действуют. С этой целью способность характеризовать организмы путем точного и быстрого сравнения геномных данных является важной частью миссии национальной безопасности Лос-Аламоса.
Технологические достижения стимулировали разработку новых приложений секвенирования и заполнили существующие базы данных необработанными данными. Ряд факторов ограничивает использование этих данных, в том числе большое количество связанных программных и аппаратных зависимостей, а также подробные знания, необходимые для выполнения этого анализа. Чтобы решить эти проблемы, Чейн и его команда разработали интуитивно понятную веб-среду с широким набором интегрированных и новаторских инструментов биоинформатики в предварительно настроенных рабочих процессах, каждый из которых может быть легко применен для изоляции проектов секвенирования генома или проектов метагеномики.
EDGE - это удобная платформа с открытым исходным кодом, которая объединяет сотни передовых инструментов и помогает сократить время анализа данных с дней или недель до минут или часов. Рабочие процессы в EDGE, наряду с простотой использования, предоставляют начинающим пользователям секвенирования следующего поколения возможность выполнять множество сложных анализов всего несколькими щелчками мыши. Эта биоинформатическая платформа описывается как первоначальная попытка расширить возможности разработки геномной dxpertise, как следует из ее названия, для широкого спектра приложений в микробных исследованиях.
EDGE уже помог оптимизировать анализ данных для групп в Таиланде, Грузии, Перу, Южной Корее, Габоне, Уганде, Египте и Камбодже, а также в нескольких государственных лабораториях в США.