Во всем мире биоразнообразие сосредоточено вокруг экватора, но научные учреждения, собирающие данные о последовательности ДНК для изучения этого биоразнообразия, как правило, сосредоточены в развитых странах ближе к полюсам. Однако быстро снижающаяся стоимость секвенирования ДНК может изменить эту динамику и создать более справедливое глобальное распределение генетических исследований. В исследовании, опубликованном в недавнем выпуске Applications in Plant Sciences, Dr. Джиллиан Дин и ее коллеги демонстрируют возможность получения высококачественных данных о последовательностях в лаборатории в Индонезии.
Для многих лабораторий в развивающихся странах отсутствие финансирования и практического опыта является серьезным препятствием для получения собственных данных о последовательностях ДНК. Однако финансовое, техническое и материально-техническое бремя производства данных о последовательности ДНК резко снизилось в последние годы. Секвенирование ДНК все чаще выполняется на централизованных «основных» объектах, предназначенных для получения высококачественных данных о последовательностях из подготовленных образцов в больших объемах и по низкой цене. Это означает, что лабораториям нужно только провести первоначальную обработку ткани, чтобы подготовить образцы ДНК для отправки в центр секвенирования.
Молекулярные методы, такие как выделение ДНК, очистка и ПЦР, необходимые для подготовки образцов для секвенирования, в настоящее время достаточно хорошо зарекомендовали себя с относительно простыми протоколами, использующими довольно недорогие реагенты (ингредиенты). «Создать лабораторию молекулярной биологии может показаться сложной задачей, но по мере того, как методы становятся дешевле и надежнее, они действительно становятся доступными для все большего числа исследователей», - объясняет доктор. Джиллиан Дин, ведущий автор исследования. «Мы хотим поделиться своим опытом, чтобы помочь людям настроить эти методы и в полной мере воспользоваться преимуществами данных, которые можно сгенерировать». Соответственно, д-р Дин и его коллеги сравнили методы получения данных о последовательностях ДНК в Лаборатории молекулярной систематики Гербария Богориенсе Исследовательского центра биологии Индонезийского института наук (LIPI) в Чибинонге, Западная Ява, Индонезия. Данные штрих-кода ДНК, полученные в ходе этого экспериментального исследования, были частью проекта по созданию в открытом доступе цифровой флоры национального парка Гунунг Палунг в Западном Калимантане, Индонезия.
Помощь лабораториям в развивающихся странах в создании потенциала для производства данных о последовательностях ДНК увеличивает число участников баз данных о последовательностях ДНК, что хорошо для науки в целом и может быть полезно для любого количества биоинформатических анализов. По словам доктора Дина, «более широкое научное сообщество выигрывает от того, что у него больше возможностей с точки зрения людей, производящих данные.«Но это также укрепляет научные институты в развивающихся странах, расширяя виды исследований, которые могут проводить ученые, и вопросы, на которые они могут ответить».
«Возможность подготовить интересующую ДНК для секвенирования означает, что ученые в развивающихся странах имеют больше автономии, когда дело доходит до разработки проектов, выбора именно данных, которые они генерируют, и для какой цели», - объясняет д-р Дин.. «Это также позволяет этим ученым иметь равный доступ и контроль над полученными данными». Помимо научных преимуществ, существует юридическое обоснование для расширения возможностей получения данных о последовательности ДНК в большем количестве стран, поскольку многие страны с биоразнообразием приняли законы, ограничивающие доступ к отбору проб для исследований, проводимых за их пределами.
Доктор. Дин также подчеркивает этический аспект расширения возможностей молекулярных лабораторий в развивающихся странах, что помогает создать более справедливый глобальный научный истеблишмент и обратиться к наследию колониализма.«Я думаю, что главное заключается в том, что мы должны более широко вовлекать ученых из стран, откуда происходят образцы. Исторически сложилось так, что исследователи из более развитых стран приезжали и забирали образцы обратно в свою страну, и во многих случаях не делились полученными данными. со страной происхождения», - говорит доктор Дин. «Мы должны отойти от этого и начать применять справедливый подход к проведению исследований в менее развитых странах». Это исследование представляет собой шаг на этом долгом пути.