Международная группа исследователей нанесла на карту геном Немо, предоставив научному сообществу бесценный ресурс для расшифровки реакции рыб на изменения окружающей среды, включая изменение климата.
В революционном исследовании под руководством Университета науки и технологий имени короля Абдуллы (KAUST) и Центра передового опыта ARC по изучению коралловых рифов (Coral CoE) исследователи использовали высокотехнологичные инструменты секвенирования для создания одного из самых полные генетические карты оранжевой рыбы-клоуна, обычного обитателя рифов и звезды диснеевского фильма «В поисках Немо».
«Этот геном обеспечивает необходимый план для понимания каждого аспекта биологии рифовых рыб», - сказал ведущий автор доктор Роберт Леманн из KAUST в Саудовской Аравии.
"Он содержит 26 597 генов, кодирующих белок. И, как и самая большая в мире головоломка, для его сборки потребовалось терпение и время."
Оранжевая рыба-клоун, Amphiprion percula, является не только самой известной рифовой рыбой на Земле, но и одной из наиболее хорошо изученных.
«Этот вид играет центральную роль в новаторских исследованиях экологических, экологических и эволюционных аспектов рифовых рыб», - сказал соавтор, профессор Филип Мандей из Coral CoE в Университете Джеймса Кука в Австралии.
"Например, рыба-клоун является моделью для изучения смены пола у рыб. Она также помогла нам понять закономерности расселения личинок у рифовых рыб, и это первый вид рыб, для которого было продемонстрировано, что поведение избегания хищников может подкисление океана."
Команда использовала самые современные технологии для секвенирования генома рыбы-клоуна. Их геномные и транскриптомные данные теперь доступны через базу данных Nemo Genome DB по адресу
«Рыба-клоун состоит примерно из 939 миллионов нуклеотидов, которые необходимо соединить вместе», - сказал соавтор профессор Тимоти Раваси из KAUST.
"Это чрезвычайно ценный ресурс для исследовательского сообщества, который сделает оранжевую рыбу-клоуна идеальным лабораторным объектом для генетики и геномных исследований."
«Это один из самых полных геномов рыб из когда-либо созданных», - сказал соавтор, профессор Дэвид Миллер из Coral CoE в Университете Джеймса Кука.
"Использование одной молекулы PacBio, технологии секвенирования в реальном времени, позволило нам добиться идеального результата."
Доклад «В поисках генов Немо: эталонная сборка хромосомного масштаба генома рыбы-клоуна Amhiprion percula» опубликована сегодня в журнале Molecular Ecology Resources.